Pored krstarećih i protivbrodskih balističkih raketa, podmornice su jedno od najvažnijih oružja iranske mornarice, koje se u Iranu proizvode u više modifikacija.
Podmornice klase „Gadir“, koje spadaju u kategoriju mini-podmornica, smatraju se jednim od ključnih dostignuća iranske mornaričke odbrane. Posebno su pogodne za borbena dejstva u Persijskom zalivu i Omanskom moru. Mogu da se spuste na morsko dno i čekaju cilj. Ove podmornice mogu da lansiraju torpeda, postavljaju morske mine i prevoze elitne borbene jedinice.
Zatim slede podmornice klase „Fateh“, koje pripadaju kategoriji poluteških. One mogu da rone na dubinu od 200 do 250 metara i, sa arsenalom od četiri rakete ili torpeda u torpednim cevima i još dve u torpednom odeljku, mogu da izvode misije u južnom delu Omanskog mora i severnom delu Indijskog okeana (Arapskom moru) tokom 30–35 dana.
Najvažnije iranske podmornice su, međutim, podmornice klase „Kilo“, od kojih tri nose nazive „Tarik“, „Noje“ i „Junes“. Nabavljene su od Rusije između 1991. i 1993. godine, a u NATO-u su poznate kao „Deep Diesel“ ili „Crna rupa“ zbog izuzetno niskog nivoa buke. Opremljene su krstarećim raketama „Kalibr“, torpedima i minama, mogu da razviju brzinu do 20 čvorova pod vodom i da zarone do 300 metara. Smatraju se teškim podmornicama iranske mornarice i zadužene su za obezbeđivanje prostora od Ormuskog moreuza do 10. paralele u Indijskom okeanu, u zoni delovanja koalicije CTF150 i Pete flote SAD.
Prema navodima pojedinih iranskih vojnih medija, Iran je poslednjih godina možda nabavio od Rusije protivpodmorničke krstareće rakete porodice Klub (izvozna verzija „Kalibra“) i desantne brodove „Ivan Gren“.
Iranski mediji su takođe prikazali snimke najnovijih dostignuća mornarice: inteligentnu bespilotnu podmornicu sposobnu da lansira dron-kamikazu (modifikovanu verziju drona Rezvan) na udaljenost do 100 kilometara. Podmornica može da ispusti ovo oružje u vodu bez približavanja protivniku i da gađa strateške ciljeve ostajući neprimećena i tiha. Ovo hibridno oružje predstavlja značajan korak napred u odbrambenim i ofanzivnim sposobnostima Irana u Ormuskom moreuzu.
General Ali Fadavi, zamenik komandanta Revolucionarne garde, izjavio je da Iran poseduje i rakete koje se lansiraju ispod vode, čija brzina dostiže 100 metara u sekundi. Prema njegovim rečima, moguće je da će Iran uskoro upotrebiti ovo oružje protiv protivnika. Navodno, u svetu samo Iran i Rusija poseduju tehnologiju takvih raketa.
