Veće je uvažilo žalbu branioca i ukinulo prvostepenu presudu u ovom slučaju, jer je na osnovu dokaza utvrđeno da Stupar nije imao efektivnu kontrolu nad pripadnicima jedinice koja je počinila zločin.
Sud je utvrdio da je tokom pogubljenja više od 1.000 muškaraca bošnjačke nacionalnosti u zemljoradničkoj zadruzi "Kravica", u opštini Bratunac, 13. jula 1995. godine, tom jedinicom komandovao Rade Čuturić, a da je Stupar na toj dužnosti bio ranije, od februara 1994. do juna 1995. godine.
Drugostepenom presudom oboreni su navodi iz optužnice, prema kojima se Stupar teretio po komandnoj odgovornosti za nesprečavanje počinjenja zločina, odnosno nesankcioniranje njegovih počinitelja.
Stupar je u julu 2008. nepravosnažno osuđen na 40 godina zatvora, a za zločin u Srebrenici sudilo mu se zajedno sa još desetoricom pripadnika Drugog odreda.
Petar Mitrović, Slobodan Jakovljević i Branislav Medan ranije su osuđeni na 28 godina zatvora, Brano Džinić i Aleksandar Radovanović na 32 godine, Milenko Trifunović na 33 godine zatvora, dok su krivice oslobođeni Milovan Matić, Miladin Stevanović, Velibor Maksimović i Dragiša Živanović.
